初期研修終了後

スーパーローテーション終了後、外科を志望するものは外科系関連病院にて２年程度の外科研修を行う。外科研修の内容などについて詳しくは東京大学外科ホームページを見て頂きたい。その後入局を志望する外科系各科に所属し、各科のカリキュラムによりさらに研修を行うことになる。

胃・食道外科、乳腺・内分泌外科では、まず１年間病棟主任医（非常勤医、病棟受け持ち体制は病棟指導医、病棟主任医、研修医の３名で１チームとなっている）として常に１０人強の症例を受け持つことになる（状況により継続した１年でない場合もある）。１年間の間に本人の希望も考慮し、胃・食道外科、乳腺・内分泌外科の間で配置換えを行う。病棟主任医半年を経過した時点で当科への入局が認められる。病棟主任医でない期間は副病棟主任医として病棟主任医の補佐および様々な外来検査を担当する。

一定期間（１ないし２年）、病棟担当医・外来検査医として勤務のあと、関連病院へ出向し、さらに外科研修を行うが、学位の取得を希望するものは病棟主任医・外来検査医として勤務している期間に大学院（消化管外科学または代謝栄養内分泌外科学のいずれかを専攻）を受験し、進学する。

また日本外科学会、日本消化器外科学会、日本乳癌学会、日本消化器病学会、日本消化器内視鏡学会、 日本胸部外科学会（食道）の専門医認定施設であり、病棟主任医・外来検査医として勤務している期間中にまず日本外科学会認定医を取得する。大学院修了後、または関連病院出向後に東京大学医学部附属病院助手（常勤医師）として採用となる。